Fatores bióticos referem-se a todos os componentes vivos de um ecossistema, incluindo plantas, animais, microrganismos e seres humanos. Esses fatores bióticos interagem entre si e desempenham papéis importantes nas cadeias alimentares, nos ciclos de nutrientes e nas relações de competição, predação, simbiose e decomposição.

Habitats

A primeira classificação de habitat foi baseada em levantamentos da flora do período colonial. Segundo Jones et al. (1991), a lista mais completa de tipos de vegetação em STP foi produzida por Exell (1944), que realizou amostragens detalhadas da flora em ambas as ilhas em 1932-33. Além de algumas áreas muito pequenas de mangais e dunas na costa, Exell considerou que a vegetação original de São Tomé era composta por florestas tropicais que cobriam uniformemente a ilha, quase até ao topo do Pico de São Tomé. Exell identificou os diferentes habitats ou comunidades vegetais da ilha de acordo com a elevação:

 Floresta de planície (c. 770 km² ), de 0 a 800m de altitude: equivalente às florestas continentais próximas de África. Em São Tomé, as espécies características desta formação são: Rinorea chevalieri, Zanthoxylum thomense, Drypetes glabra, Anisophyllea cabole e Sorindeia grandifolia.

• Floresta de montanha (c. 76 km²), de 800 a 1400m de altitude: apresenta uma transição lenta de espécies, com maior variedade do que em formações de menor altitude, mas com um aspeto geral semelhante. As árvores são altas (30 a 40m) com copa densa e a elevada humidade favorece uma grande diversidade floral, por exemplo orquídeas, musgos, samambaias, epífitas e videiras, que cobrem o tronco das grandes árvores. As espécies arbóreas características destas formações são: Trichilia grandifolia, Pauridiantha insularis, Pavetta monticola, Erythrococca molleri, e Tabernaemontana stenosiphon.
• A floresta de nevoeiro (8 km²), de 1400 a 2024m de altitude, está limitada a cristas e cumes de montanhas, caracterizadas por elevada pluviosidade e humidade, com nevoeiro constante e baixas temperaturas, com árvores mais pequenas, dominadas por Schefflera, raramente ultrapassando os 10m de altura, e copas menos densas. As epífitas, em particular as orquídeas e os fetos, são abundantes nestas formações. As árvores características são: Afrocarpus mannii, Balthasaria mannii, Psychotria guerkeana e P. nubicola.
• Formações costeiras, incluindo florestas ribeirinhas e áreas de mangais. As áreas de mangais são geralmente muito pequenas (c. 2km²) e compostas essencialmente de Rhizophora racemosa, R. harrisonii e Avicennia germinans, ao longo da costa norte e leste, sendo a mais importante o Mangal de Malanza, localizado na costa sul de São Tomé e Príncipe.

As florestas estão agora classificadas em quatro categorias complementares que refletem esta mudança (Jones et al. 1991; Salgueiro & Carvalho 2002):

1. As florestas nativas  que cobrem cerca de 226 km²da ilha, a maior parte das quais no centro montanhoso e sudoeste da ilha, dentro dos limites do Maciço Central do PNOST, constituindo a maior parte da área do PNOST (Soares 2017).
2. As florestas secundárias (capoeira) são o segundo tipo principal de florestas dentro do maciço central do PNOST, da Savana do Norte e Mangal de Malanza. São na sua maioria limítrofes do bloco principal de floresta nativa.
3. As plantações de sombra ocupam sobretudo as zonas nordeste e costeiras. Há plantações de sombra esporádicas perto dos limites do Maciço Central do PNOST e ao longo da secção de Savana do Norte do Parque.
4. A Savana e outras áreas não florestais ocupam o resto da ilha. Não estão presentes no maciço central do PNOST, mas incluem a região mais seca do nordeste de São Tomé (áreas da Praia das Conchas e Lagoa Azul) e representam assim uma grande parte da secção da Savana Norte do PNOST.